「アプリ設定権限が有効の合鍵」を持つユーザーが、合鍵発行対象に含まれていることが原因です。

エラーの発生条件

「アプリ設定権限が有効の合鍵」を既に発行しているユーザーに対し、重複して合鍵を発行しようとした際に発生します。
下記いずれの合鍵を発行する場合でも発生します。

「アプリ設定権限」の詳細は下記をご確認ください。
アプリ設定権限について

合鍵はすでに発行済のため、合鍵の有効時間を変更したい場合は、新規発行せずにユーザーが既に持っている合鍵を編集してください。
合鍵の編集方法

発行済みの合鍵CSVをダウンロードいただき（参考：合鍵の編集方法）、ユーザーに発行されている合鍵の設定をご確認ください。
「アプリ設定権限」の項目が「権限あり」となっているユーザーがエラー対象です。

エラー対象のユーザーがわかりましたら、そのユーザーが既に持っている合鍵を編集してください。
合鍵の編集方法
 合鍵の編集方法（CSVで一括編集する方法）