「アプリ設定権限が有効の合鍵」を持つユーザーが、合鍵発行対象に含まれていることが原因です。

「常時利用鍵」を発行しようとしている場合、このエラーが発生した時点で、ユーザーは既に「常時利用鍵」を持っているため、新たな「常時利用鍵」の発行は不要です。

「一時利用鍵」や「繰り返し鍵」を発行したい場合は、既に上位レベルの合鍵（常時利用鍵）を持っているため、下位レベルの合鍵が作れません。
そのため、既に発行済みの「常時利用鍵」の有効時間を編集して、「一時利用鍵」または「繰り返し鍵」にしてください。
合鍵の編集方法

「アプリ設定権限」については下記をご参照ください。
アプリ設定権限について

エラー対象のユーザーが不明な場合

発行済みの合鍵のCSVファイルをダウンロードいただき（参考：合鍵の編集方法）、「アプリ設定権限」の項目をご確認ください。
「アプリ設定権限」の項目が「権限あり」となっているユーザーがエラー対象です。

エラー対象のユーザーがわかりましたら、そのユーザーが既に持っている合鍵を編集してください。
（常時利用鍵を発行しようとしていた場合は編集不要です。※すでに発行済みのため。）
合鍵の編集方法
合鍵の編集方法（CSVで一括編集する方法）